Recherche et innovation technologique (eRIT)
Le rôle de l’eRIT est d’apporter expertise et support technologique aux programmes de recherche d’I-Stem. Les domaines d’expertise inclus : les techniques de culture des cellules pluripotentes, l’édition du génome, le séquençage, le criblage de molécules, la bioproduction et l’imagerie.
L’eRIT s’organise autour de 6 domaines d’expertise ou plateformes : la biologie cellulaire, la bioproduction, le NGS, le criblage à haut débit, l’imagerie cellulaire, et l’édition du génome. L’eRIT apporte son expertise aux équipes de recherche d’I-Stem en implémentant de nouvelles technologies au laboratoire ou en les développant sur mesure si elles n’existent pas.
Chaque plateforme possède une activité de service mais surtout construit ses propres travaux de recherche technologique. La plateforme « Biologie cellulaire » évalue les nouvelles techniques de culture des cellules souches pluripotentes (CSP) et de cytogénétique. Elle développe des lignées cellulaires de très haute qualité pour les programmes de modélisation et de thérapie cellulaire avec un accent mis sur la mise au point de lignées invisibles pour le système immunitaire (Programme ANR Ghosting the Cell- GTC).
L’équipe « Bioproduction » met au point des protocoles automatisée pour la culture à large échelle et les programmes cliniques. Plus particulièrement, dans le cadre des projets de thérapie cellulaire, elle développe des protocoles de culture et de différenciation des CSP en circuit clos, compatibles avec une production dite « GMP-like » avant transfert vers les établissements pharmaceutiques. Ses axes de recherche concernent aussi la culture de masse en 3D à l’aide de bioréacteurs. Pour accompagner ses projets, elle fait évoluer en permanence les tests de qualification des cellules, en particulier en développant et implémentant de nouvelles approches de cytométrie en flux.
La plateforme d’édition du génome créer des lignées outils pour la modélisation des maladies génétiques en utilisant les techniques CRISPR.
La plateforme de criblage à haut débit développe les tests miniaturisés, l’automatisation et le data mining nécessaires à la sélection de composés pharmacologiques au cours des criblages ainsi que des outils pour identifier des combinaisons de molécules repositionnable pour potentialisé leur effet thérapeutique.
La plateforme de séquençage (NGS) propose le développement de nouvelles approches tel que le séquençage sur cellule unique, le séquençage d’acides nucléiques contenus dans les vésicules extracellulaires et le transcriptome spatial.
La plateforme d’imagerie implémente l’IA dans les processus d’analyse d’image à haut débit pour améliorer leurs performances dans le cadre de la modélisation de pathologie ou d’identification de composés thérapeutiques et teste différentes stratégiques pour imager des cultures 3D de type organoides.
Pour soutenir les différents projets de recherche du laboratoire, l’eRIT gère la collection de cellules d’I-Stem qu’elle conserve de manière sécurisée dans la biobanque. Cette collection a vocation à supporter le développement du futur centre de ressource biologique (CRB).
Les plateformes sont labellisées par le Génopole depuis 2022 et ouvertes aux Génopolitains.
https://www.genopole.fr/
Équipe
Alexandra Benchoua
Responsable des Plateformes
Karine Giraud-Triboult
Responsable Biologie Cellulaire
Olivier Chose
Responsable Bioproduction
Margot Jarrige
Responsable Séquençage haut-débit
Johana Tournois
Responsable Criblage haut-débit
Jérôme Polentes
Responsable Imagerie Cellulaire
Sandrine Baghdoyan
Responsable Edition du génome