Séquençage à haut débit

Accueil  >  Recherche et développement  > 

Séquençage à haut débit

La plateforme NGS propose à I-Stem des prestations de séquençage à haut débit du Génome et/ou du Transcriptome ainsi qu’un accompagnement scientifique et technique pour proposer les stratégies de séquençage les plus adaptées aux projets.

Le séquençage de l’ADN et plus particulièrement le séquençage à haut débit est une technologie permettant d’étudier et de mieux comprendre les maladies génétiques rares sur lequelles nous travaillons à I-Stem. En fonction des techniques développées, il est possible de rechercher de nouvelles mutations responsables de maladies génétiques (DNAseq ) ou encore d’étudier l’expression des gènes dans un contexte sain et/ou pathologique (RNAseq- étude du transcriptome). A l’issue de l’analyse bio-informatique, ces données peuvent aboutir à l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques.

La plateforme possède un séquenceur NextSeq 550 de la gamme Illumina ainsi que des équipements permettant l’extraction, la quantification et le contrôle qualité des échantillons (Qiacube – Qiagen / BioAnalyseur – Agilent / QuantStudio 12K & 7K – Thermo Fisher Scientific). Depuis 2020, la plateforme propose également le séquençage à l’échelle de la cellule unique (Single cell RNAseq –  Chromium 10X genomics)

En plus de l’activité de prestation, la plateforme conduit des programmes de R&D tels que la mise au point de nouvelles techniques de séquençage ou de nouveaux outils bio-informatiques (Bases de données, Pipelines d’analyse NGS, …)

Outil développé par la plateforme :

SIStemA: Collection de transcriptomes (expression des gènes) pour l’étude des cellules pluripotentes humaines.

Notre page GitHub :  I-Stem-CECS

Équipe

Margot Jarrige

Responsable Plateforme

Margot est arrivée en 2014 au sein de I-Stem et s’est progressivement spécialisée dans le séquençage haut débit et l’analyse des régulations géniques. Margot est titulaire d’un Master « R&D Biotechnologie » à l’université Paris VI et réalise une thèse.

Hélène Polvèche

Ingénieure Bio-Informatique

Hélène est arrivée en 2015. Intégrée à la plateforme NGS depuis 2017, elle est spécialisée en données « Omics » ainsi que dans le développement d’outils web. Hélène est titulaire d’un Master Biologie structurale & Bio-informatique.

Justine Rousselot

Technicenne Plateforme (CECS)

Après un DUT Génie Biologique et une première spécialisation en robotique et NGS, Justine a rejoint I-Stem en février 2024, en tant que technicienne plateforme. Elle travaillera à la fois dans l’équipe de Criblage Haut Débit (HTS) et de Séquençage Haut Débit (NGS).

Collaborations

PSMN ( Pôle scientifique de modélisation numérique)
ENS de Lyon

Le PSMN est une plateforme scientifique de l’ENS de Lyon hébergeant les ressources en calcul haute performance (HPC). Il fournit un accès immédiat et souple à des moyens de calcul importants (12 000 coeurs, fin 2019).

GENOPS
Réseau des plateformes de génomiques Paris-Saclay

Réseau académique constitué de plateformes ayant pour vocation l’analyse génomique, c’est-à-dire l’étude des génomes et des transcriptomes, au sein de tous types d’organismes vivants. Il réunit des plateformes académiques rattachées au périmètre du Département Sciences de la Vie (SDV) de l’Université Paris Saclay.

Publications

Synergism of dual AAV gene therapy and rapamycin rescues GSDIII phenotype in muscle and liver.

16 mai 2024

Jauze Louisa,

Vie Mallaury,

Miagoux Quentin,

Rossiaud Lucille,

Vidal Patrice,

Montalvo-Romeral Valle,

Saliba Hanadi,

Jarrige Margot,

Polveche Helene,

Nozi Justine,

Le Brun Pierre-Romain,

Bocchialini Luca,

Francois Amandine,

Cosette Jeremie,

Rouillon Jérémy,

Collaud Fanny,

Bordier Fanny,

Bertil-Froidevaux Emilie,

Georger Christophe,

Van Wittenberghe Laetitia,

Miranda Adeline,

Daniele Nathalie,

Gross David,

Hoch Lucile,

Nissan Xavier,

Ronzitti Giuseppe,

JCI insight

The AMPK-related kinase NUAK1 controls cortical axons branching by locally modulating mitochondrial metabolic functions.

21 mars 2024

Lanfranchi Marine,

Yandiev Sozerko,

Meyer-Dilhet Géraldine,

Ellouze Salma,

Kerkhofs Martijn,

Dos Reis Raphael,

Garcia Audrey,

Blondet Camille,

Amar Alizée,

Kneppers Anita,

Polvèche Hélène,

Plassard Damien,

Foretz Marc,

Viollet Benoit,

Sakamoto Kei,

Mounier Rémi,

Bourgeois Cyril F,

Raineteau Olivier,

Goillot Evelyne,

Courchet Julien,

Nature communications

Mono- and Biallelic Inactivation of Huntingtin Gene in Patient-Specific Induced Pluripotent Stem Cells Reveal HTT Roles in Striatal Development and Neuronal Functions.

01 janvier 2024

Louessard Morgane,

Cailleret Michel,

Jarrige Margot,

Bigarreau Julie,

Lenoir Sophie,

Dufour Noëlle,

Rey Maria,

Saudou Frédéric,

Deglon Nicole,

Perrier Anselme L,

Journal of Huntington's disease

VOIR TOUTES LES PUBLICATIONS

Équipements gérés par la plateforme

Nextseq 550
Illumina

Nextseq 550

Séquenceur de la gamme Illumina, il permet le séquençage 30X d’un génome humain ou de 40 transcriptomes en parallèle. Cet équipement offre un débit flexible autorisant le développement d’un large panel d’applications de séquençages. (Financement Génopole et UEVE)

Chromium Controller
10X Genomics

Chromium Controller

Il utilise la technologie micro fluidique pour isoler des cellules individuelles dans un échantillon et permet ainsi l’étude de la régulation des gènes à l’échelle de la cellule unique. (Financement UEVE)

Hamilton

Hamilton Micro lab Star

Robot de pipetage destiné à automatiser la préparation des librairies de NGS en garantissant une meilleure précision et reproductibilité pour les projets de séquençages. (Financement Génopole)

Thermofisher

Qubit 2 Fluorometer

Spectrofluoromètre autorisant une quantification rapide, précise et sensible des acides nucléiques et protéines.

Serveur

La plateforme est équipée d’un serveur de calcul (OS Ubuntu) possédant, 38 cœurs, 250 Go de RAM et 95 To d’espace disque.

Qiagen

Qiacube

Il permet l’automatisation d’un grand nombre de protocoles d’extraction des acides nucléiques (ADN, ARNm, ARNtotal, miRNA …)

Thermofisher scientific

Quantstudio 12k et 7k

Ce sont des appareils de PCR en temps réel permettant d’étudier l’expression de gènes d’intérêt en format 96 ou 384 puits. Compatible avec la chimie SYBER et TaqMan, les Quantstudio propose un large éventail d’applications génomiques. (Financement Génopole )

Agilent

Bioanalyzer 2100

Cet équipement utilise la micro-fluidic pour l’analyse des échantillons d’acides nucléiques ou de protéines. La résolution unique de cet appareil permet le contrôle de la qualité des échantillons biologiques ainsi que l’identification d’insertions ou de délétions génomiques de faible taille.

Beckmann et coulter

Ultracentrifugeuse Optima-XE

Cet appareil sert à centrifuger à très haute vitesse des échantillons biologiques isoler certaines particules. (Financement UEVE)

Malvern Panalytical

NanoSight NS300

Il permet la visualisation, la qualification et la quantification en temps réel des nano-particules présentes dans un fluide biologique. (Financement UEVE )