Séquençage à haut débit
La plateforme NGS propose à I-Stem des prestations de séquençage à haut débit du Génome et/ou du Transcriptome ainsi qu’un accompagnement scientifique et technique pour proposer les stratégies de séquençage les plus adaptées aux projets.
Le séquençage de l’ADN et plus particulièrement le séquençage à haut débit est une technologie permettant d’étudier et de mieux comprendre les maladies génétiques rares sur lequelles nous travaillons à I-Stem. En fonction des techniques développées, il est possible de rechercher de nouvelles mutations responsables de maladies génétiques (DNAseq ) ou encore d’étudier l’expression des gènes dans un contexte sain et/ou pathologique (RNAseq- étude du transcriptome). A l’issue de l’analyse bio-informatique, ces données peuvent aboutir à l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques.
La plateforme possède un séquenceur NextSeq 550 de la gamme Illumina ainsi que des équipements permettant l’extraction, la quantification et le contrôle qualité des échantillons (Qiacube – Qiagen / BioAnalyseur – Agilent / QuantStudio 12K & 7K – Thermo Fisher Scientific). Depuis 2020, la plateforme propose également le séquençage à l’échelle de la cellule unique (Single cell RNAseq – Chromium 10X genomics)
En plus de l’activité de prestation, la plateforme conduit des programmes de R&D tels que la mise au point de nouvelles techniques de séquençage ou de nouveaux outils bio-informatiques (Bases de données, Pipelines d’analyse NGS, …)
Outil développé par la plateforme :
SIStemA: Collection de transcriptomes (expression des gènes) pour l’étude des cellules pluripotentes humaines.
Notre page GitHub : I-Stem-CECS
Équipe
Margot Jarrige
Responsable Plateforme
Margot est arrivée en 2014 au sein de I-Stem et s’est progressivement spécialisée dans le séquençage haut débit et l’analyse des régulations géniques. Margot est titulaire d’un Master « R&D Biotechnologie » à l’université Paris VI et réalise une thèse.
Hélène Polvèche
Ingénieure Bio-Informatique
Hélène est arrivée en 2015. Intégrée à la plateforme NGS depuis 2017, elle est spécialisée en données « Omics » ainsi que dans le développement d’outils web. Hélène est titulaire d’un Master Biologie structurale & Bio-informatique.
Justine Rousselot
Technicenne Plateforme (CECS)
Après un DUT Génie Biologique et une première spécialisation en robotique et NGS, Justine a rejoint I-Stem en février 2024, en tant que technicienne plateforme. Elle travaillera à la fois dans l’équipe de Criblage Haut Débit (HTS) et de Séquençage Haut Débit (NGS).
Collaborations
Le PSMN est une plateforme scientifique de l’ENS de Lyon hébergeant les ressources en calcul haute performance (HPC). Il fournit un accès immédiat et souple à des moyens de calcul importants (12 000 coeurs, fin 2019).
Réseau académique constitué de plateformes ayant pour vocation l’analyse génomique, c’est-à-dire l’étude des génomes et des transcriptomes, au sein de tous types d’organismes vivants. Il réunit des plateformes académiques rattachées au périmètre du Département Sciences de la Vie (SDV) de l’Université Paris Saclay.
Publications
The AMPK-related kinase NUAK1 controls cortical axons branching by locally modulating mitochondrial metabolic functions.
21 mars 2024
Nature communications
Mono- and Biallelic Inactivation of Huntingtin Gene in Patient-Specific Induced Pluripotent Stem Cells Reveal HTT Roles in Striatal Development and Neuronal Functions.
01 janvier 2024
Journal of Huntington's disease
SplicingLore: a web resource for studying the regulation of cassette exons by human splicing factors.
21 décembre 2023
Database : the journal of biological databases and curation
Équipements gérés par la plateforme
Nextseq 550
Séquenceur de la gamme Illumina, il permet le séquençage 30X d’un génome humain ou de 40 transcriptomes en parallèle. Cet équipement offre un débit flexible autorisant le développement d’un large panel d’applications de séquençages. (Financement Génopole et UEVE)
Chromium Controller
Il utilise la technologie micro fluidique pour isoler des cellules individuelles dans un échantillon et permet ainsi l’étude de la régulation des gènes à l’échelle de la cellule unique. (Financement UEVE)
Hamilton Micro lab Star
Robot de pipetage destiné à automatiser la préparation des librairies de NGS en garantissant une meilleure précision et reproductibilité pour les projets de séquençages. (Financement Génopole)
Qubit 2 Fluorometer
Spectrofluoromètre autorisant une quantification rapide, précise et sensible des acides nucléiques et protéines.
Serveur
La plateforme est équipée d’un serveur de calcul (OS Ubuntu) possédant, 38 cœurs, 250 Go de RAM et 95 To d’espace disque.
Qiacube
Il permet l’automatisation d’un grand nombre de protocoles d’extraction des acides nucléiques (ADN, ARNm, ARNtotal, miRNA …)
Quantstudio 12k et 7k
Ce sont des appareils de PCR en temps réel permettant d’étudier l’expression de gènes d’intérêt en format 96 ou 384 puits. Compatible avec la chimie SYBER et TaqMan, les Quantstudio propose un large éventail d’applications génomiques. (Financement Génopole )
Bioanalyzer 2100
Cet équipement utilise la micro-fluidic pour l’analyse des échantillons d’acides nucléiques ou de protéines. La résolution unique de cet appareil permet le contrôle de la qualité des échantillons biologiques ainsi que l’identification d’insertions ou de délétions génomiques de faible taille.
Ultracentrifugeuse Optima-XE
Cet appareil sert à centrifuger à très haute vitesse des échantillons biologiques isoler certaines particules. (Financement UEVE)
NanoSight NS300
Il permet la visualisation, la qualification et la quantification en temps réel des nano-particules présentes dans un fluide biologique. (Financement UEVE )