Biologie Cellulaire

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Biologie Cellulaire

La plateforme Biologie Cellulaire répond aux besoins des équipes de Recherche de l’Institut pour tous les aspects méthodologiques applicables à la biologie cellulaire des cellules pluripotentes humaines et leurs dérivés. Elle assure également le contrôle qualité de ces cellules et au besoin l’optimisation de leurs protocoles de culture.

Le contrôle de la qualité est un facteur crucial et déterminant pour l’utilisation appropriée des cellules souches pluripotentes humaines et de leurs dérivés. A I-Stem, nous portons une vigilance particulière à ce domaine d’investigations car des anomalies cellulaires non détectées peuvent entraîner des erreurs majeures dans la modélisation pathologique et la pharmacologie, ou introduire des facteurs de risque sévères dans le cadre d’une thérapie cellulaire. C’est pourquoi notre équipe prends en charge la vérification systématique et régulière de l’ensemble des cellules générées dans l’Institut.

Nous utilisons le caryotype pour détecter des anomalies chromosomiques de taille allant de 5 à 10Mb (Mégabases). Cela permet de mettre en évidence des anomalies de structure équilibrées (translocation réciproque), ainsi que des anomalies de nombre (trisomie, monosomie). Nous utilisons pour cela des techniques de cytogénétique classique telles que le G ou R-banding mais aussi la technique de multicolor Fluorescence In Situ Hybridization (mFISH).

L’équipe dispose d’un équipement complet de cytogénétique comprenant une enceinte de séchage thermostatée CDS-5 (Thermotron) et un poste de microscopie automatisée Metasystem. Cela permet d’obtenir des caryotypes de très bonne qualité pour une classification optimale des chromosomes et la visualisation précise des points de cassure et de réarrangement chromosomiques complexes.

Nous procédons également régulièrement à l’analyse du génome des cellules via l’utilisation de puces à ADN SNP (Illumina) commercialisées par la société Integragen (Evry, France). Nous pouvons ainsi localiser la taille exacte (à partir de 100 Kilobases) des anomalies génomiques détectées dans les cellules pluripotentes humaines et leurs dérivés.

Enfin, toujours pour explorer l’intégrité génomique du matériel biologique des cellules, notre plateforme teste régulièrement de nouvelles technologies de détection. Notre collaboration avec la société StemGenomics (Montpellier, France)  a permis de proposer un test de détection rapide des anomalies les plus récurrentes acquises par les cellules pluripotentes. Ce test permet la vérification très rapide de nos cellules à des étapes clés et critiques du bioprocédé engagé, telles que la création de grandes banques de cellules par la Plateforme de Bioproduction ou encore l’édition du génome des cellules par la méthode CRISPR/Cas9.

L’équipe a acquis dans ces domaines une réelle expertise au cours des dernières années. Les projets en cours incluent l’exploration des voies de contournement du système immunitaire (« cellules fantômes ») avec l’équipe de Thierry Heidmann, la société Viroxis et le CR2TI de Nantes ou encore des projets dans le cadre du programme MyoPharm, dans lequel I-Stem collabore avec d’autres équipes de recherche françaises sur des maladies neuromusculaires ultra-rares.

Nous proposons également des prestations de caryotypage (par G ou R-banding mais aussi par mFISH) pour les équipes extérieures, académiques ou industrielles.

ANR AAPG 2021 – PRCE: Ghosting The Cells (GTC) :

Projet de création de cellules « fantômes » qui maintiennent intacts les systèmes de présentation des antigènes du HLA mais induisent une immunotolérance grâce à la présentation à la membrane d’une molécule immunosuppressive issue d’un rétrovirus.

Équipe

Karine Giraud-Triboult

Resp. Plateforme (CECS)

Karine est Ingénieure en Génomique Fonctionnelle. Elle est arrivée en Janvier 2005 dans l’équipe montée à la création d’I-Stem, sur le projet DM1. Elle dirige la Plateforme Biologie Cellulaire depuis 2017.

Lina El Kassar

Ingénieure Plateforme (CECS)

Lina est Docteur en Biologie. Elle est arrivée en Janvier 2005 dans l’équipe montée à la création d’I-Stem, sur le projet DM1. Elle a animé l’atelier iPS pendant trois ans et depuis 2016 assure le contrôle de l’intégrité génomique des cellules à I-Stem.

Louise Penez

Ingénieure d'Etude (INSERM)

Louise est arrivée dans l’équipe début 2022 en tant que stagiaire de M2. Après obtention de son diplôme en Biotechnologies, elle est restée dans l’équipe en tant qu’ingénieure d’études. Elle travaille sur le programme pré-clinique Ghosting The Cells.

Hamel Mahiou

Technicienne plateforme (CECS)

Hamel est arrivée dans l’équipe fin 2022 en tant qu’alternante. Une fois sa licence professionnelle en biotechnologies obtenue, elle a intégré l’équipe en tant que technicienne plateforme. Elle apporte un soutien à tous les projets de l’équipe et du laboratoire, notamment en culture cellulaire et en contrôles qualité.

Collaborations

Thierry Heidmann
DRCE CNRS, UMR 9196

Spécialiste de la biologie des rétrovirus infectieux et endogènes, et plus particulièrement des bases moléculaires de leur induction d’immunosuppression.

Agathe Bacquin
Chargée de Recherche, VIROXIS

Spécialiste en immunologie au sein de la société VIROXIS qui développe des molécules immunosuppressives dérivées de protéines rétrovirales pour des applications de greffe.

Fabienne Haspot
CRCN, CR2TI INSERM 1064

Responsable scientifique de la plateforme des rongeurs humanisés du LabEx IGO, qui s’intéresse au développement de stratégies permettant de contrôler la réponse immunitaire.

Programmes Myopharm
(AFM-Téléthon) Production des ressources biologiques

– INSERM, Centre de Recherche en Myologie, Sorbonne Université, UMRS974, INSERM, Institut de Myologie-Faculté de Médecine de la Pitié Salpêtrière, Antoine Muchir
– CNRS UMR 5310 – INSERM U1217, Institut NeuroMyoGène, Université de Lyon, Arnaud Jacquier, Laurent Shaeffer
– INSERM U955 IMRB UPEC, Créteil, Frederic Relaix
– INSERM U1251, Marseille Medical Genetics, Valérie Delague

Publications

Generation of heterozygous and homozygous NF1 lines from human-induced pluripotent stem cells using CRISPR/Cas9 to investigate bone defects associated with neurofibromatosis type 1.

01 janvier 2024

Darle Annabelle,

Mahiet Thibault,

Aubin Déborah,

Doyen Manon,

El Kassar Lina,

Parfait Béatrice,

Lemaitre Gilles,

Baldeschi Christine,

Allouche Jennifer,

Holic Nathalie,

Frontiers in cell and developmental biology

Establishment of heterozygous and homozygous SHANK3 knockout clonal pluripotent stem cells from the parental hESC line SA001 using CRISPR/Cas9.

01 octobre 2023

Chatrousse Laure,

Poullion Thifaine,

El-Kassar Lina,

Giraud-Triboult Karine,

Boissart Claire,

Sanatine Peggy,

Sommer Peter,

Benchoua Alexandra,

Stem cell research

CRISPR/Cas9-mediated generation of human embryonic stem cell sub-lines with HPRT1 gene knockout to model Lesch Nyhan disease.

01 septembre 2023

Boissart Claire,

Chatrousse Laure,

Poullion Thifaine,

El-Kassar Lina,

Giraud-Triboult Karine,

Benchoua Alexandra,

Stem cell research

VOIR TOUTES LES PUBLICATIONS

Acquisition 2018 – financement Génopole

Thermotron 

Enceinte de séchage thermostatée CDS-5

Acquisition 2011 - financement Génopole

Metasystem 

Poste de microscopie automatisée. La localisation exacte des points de rupture chromosomiques, les caryotypes et la classification des chromosomes sont obtenus grâce aux logiciels Isis et Ikaros.

Acquisition 2013 - financement INSERM

QIACUBE

Automate d’extraction ADN et ARN à l’aide de colonnes